第三方機構與各個主要銀行之間又簽訂有關協議，使得第三方機構與銀行可以進行某種形式的數據交換和相關信息確認。這樣第三方機構就能實現在持卡人或消費者與各個銀行，以及最終的收款人或者是商家之間建立一個支付的流程。

除了網上銀行、電子信用卡等支付方式以外還有一種方式也可以相對降低網絡支付的風險，那就是正在迅猛發(fā)展起來的利用第三方機構的支付模式及其支付流程，而這個第三方機構必須具有一定的誠信度。在實際的操作過程中這個第三方機構可以是發(fā)行信用卡的銀行本身。在進行網絡支付時，信用卡號以及密碼的披露只在持卡人和銀行之間轉移，降低了應通過商家轉移而導致的風險。

同樣當第三方是除了銀行以外的具有良好信譽和技術支持能力的某個機構時，支付也通過第三方在持卡人或者客戶和銀行之間進行。持卡人首先和第三方以替代銀行帳號的某種電子數據的形式(例如郵件)傳遞帳戶信息，避免了持卡人將銀行信息直接透露給商家，另外也可以不必登錄不同的網上銀行界面，而取而代之的是每次登錄時，都能看到相對熟悉和簡單的第三方機構的界面。

一般的第三方支付平臺，如財付通，提供了一個資金支付交易的處理業(yè)務。這個支付交易流程可以簡單的規(guī)劃為如下：

1、操作員通過瀏覽器發(fā)起支付請求;

2、簽約的客戶(指與第三方支付公司簽約的商戶、并且擁有自己的支付管理系統(tǒng))系統(tǒng)響應支付請求，返回支付頁面;

3、操作員根據支付頁面要填寫的數據，填寫表單，提交這些數據。數據被提交到了第三方支付公司的支付網關系統(tǒng)中;

4、支付網關系統(tǒng)返回一個網銀對接接口頁面，讓客戶填寫與訂單相關聯的支付數據(一般是銀行卡相關的的卡號、密碼等);

5、操作員填寫完畢，提交所有訂單數據(交易流水號)和銀行卡數據到銀聯網銀系統(tǒng);

6、銀聯網銀系統(tǒng)處理支付請求，將結果返回給支付網關;

7、支付網關將本次交易結果存根到自己的后臺系統(tǒng);

8、同時將支付結果通知給簽約的客戶系統(tǒng);

9、最終的支付結果也將以網頁形式返回到操作員的客戶端瀏覽器中。

目前中國國內的第三方支付產品主要有PayPal(易趣公司產品)、支付寶(阿里巴巴旗下)、財付通(騰訊公司，騰訊拍拍)、傲付寶等。其中最用戶數量最大的是PayPal和支付寶，前者主要在歐美國家流行，后者是馬云阿里巴巴旗下產品，據稱，截止2009年7月，支付寶用戶超過2億。